Neville Brody
Cross-Cultural Creativity




中央研究院「生物醫學科學研究所」簡稱為中研院生醫所,成立於民國七十二年,主要業務為針對與國民健康相關的問題做深入研究,藉由建立優良的研究環境,以培育優秀的研究人員,並與國內醫學院、臨床醫學中心合作,將基礎醫學研究應用到臨床診斷及治療,以期在疾病的診斷、治療及預防上提高醫療水準,增進國民福祉。

國內生物科技研究在政府及中研院生醫所共同戮力下,屢有突破性發展,成就頗受國際肯定,但卻苦於國內無專業的生物科技研究試算平台,從事生物科技研究的人員,在需要威力強大的技術來分析不斷成長且複雜度不斷增加的染色體資料時,往往需大老遠將資料傳送至美國 NCBI (National Center for Biotechnology Information)進行試算,徒增時間等各項成本的耗費。有鑑於此,由國科會所發起的「國家生物資訊核心計畫」特別補助中央研究院生醫所建置專業的生物資訊試算網站,以提供國內生物醫學科學研究人員更好的研究環境。

主持此計劃的中央研究院生物醫學科學研究所常蘭陽博士表示:「蘋果電腦的生物資訊工作群組運算叢集集“門檻低、穩定性高、管理方便、擴充性佳”等各項優點,提供包含序列比對功能的 BLAST 等共200多項可線上使用的生物資訊應用程式,因而受到中研院生醫所的青睞;生醫所以二十餘台 Xserve 與1台 Xserve RAID,成功打造了一個可以提供生物科技科學研究人員從事序列比對等生物資訊運算之網站「BioK生物研究試算平台」,成為台灣首創、亞洲第二個採用 iNquiry 解決方案之單位。

極速引擎加快研究速度 / 繁複基因運算彈指可得
在運算速度上,「BioK生物研究試算平台」具備威力強大的 PowerPC 處理器與極速引擎的奧援,配備產業界中速度最快、執行速度高達 1GHz的前端匯流排,可使得匯流排資料傳輸總量達到每秒 16GB,大幅加快平行運算的速度,研究人員將繁複的資料上傳後在彈指之間即能得到試算結果,以往需要數小時或數天才能得到研究結果出來的情況已變成過去式。中央研究院以蘋果電腦建置的「BioK生物研究試算平台」,提供給國內生物科學研究人員類似美國 NCBI 生物科技運算網站的工作環境,國內生物科技研究人才從此不必捨近求遠,藉由全新 BioK 生物研究試算網站即能心無旁騖地致力於研究工作,國內生物科技的研究成果,也可藉此平台匯集成一極具參考價值之資料庫。」

生物資訊叢集應有盡有 / 擴充性高操作簡單易上手

目前大多數電腦廠商的資訊工具,在使用上都須具備 UNIX 命令的相關知識,並且必須石階與複雜的分散式資源管理軟體互動,成為使用者極大的門檻。因鑒於此,中研院生醫所特別採用蘋果電腦生物資訊工作群組運算叢集,其內建 iNquiry,流暢而直覺的設定與操作,讓使用者不需瞭解任何命令列的指令,就能藉由叢集上200種工具送出查詢,並隨時透過網頁瀏覽器存取遠端管理工具,這對於整天埋頭於實驗室、多半無資訊產業背景的生物科技研究人員,實在是一大福音。

另外,中央研究院在架設「BioK 生物研究試算平台」時,也特別考量擴充性的問題,不需改變底層架構即可接納額外新硬體也是蘋果電腦的生物資訊工作群組運算叢集的眾多優勢之ㄧ。當使用者把一部新的 Xserve 放上機架、並且連上網路之後,只要按一下按鈕,它就會自動拷貝相關的軟體和設定檔案、重新開機、然後加入原有的叢集。不但單台使用分散式處理時毫無問題,即使擴充機制進行平行化作業時,也不會因資訊產業背景不足而產生障礙。

 

 


Pro/Gov


 
 


高產出低成本 / 解決方案超經濟

常博士表示:「在規劃「BioK生物研究試算平台」時,中研院生醫所參考了各家資訊廠商所提出的解決方案,只有蘋果電腦生物資訊工作群組運算叢集內建業界標準的 iNquiry,內附有先安裝好的生物資訊科技應用軟體,如 BLAST、 HMMER 等共200多種,並經過最佳化調校,此外,還可以將自己撰寫的應用程式加入其介面中,提供更有效率的方式來進行研究,可說是運算功能最強大最具成本效益的全方位解決方案。」


中研院生醫所常蘭陽博士
參與此計劃的核心成員-中研院生醫所常蘭陽博士表示:「中研院生醫所此次以蘋果電腦生物資訊工作群組運算叢集成功地建置全台灣第一個生物研究試算平台 BioK,成為台灣首創、亞洲第二個採用 iNquiry 的單位,著實是台灣生物資訊科學的一大進步,生醫所期望藉由這個機制的建立,讓國內生物科學研究人員在從事資料試算研究時不必再尋求外援,在第一時間能獲得最新的研究數據,而國內生物科技各項斐然的研究成果,也能藉由以蘋果電腦生物資訊工作群組運算叢集建立的 BioK 生物研究試算平台,匯集成一極具參考價值之資料庫,提升台灣整體生物科技研究的發展。」